合成生物制造技术主要应用于七大领域。除了生物农业领域，在生物医药领域，昌平区有微元合成生产的胆红素，在以往6.5万头猪胆才可以提取1公斤的胆红素，但是现在利用合成生物技术，利用1立方米的发酵罐发酵两到三天就可以生产出来。

在美丽经济领域，像护肤品可以生产出来价格更低、更加稀缺，同时也对肌肤更加友好的一些天然性的组分。

在生物能源领域，可以利用非粮原料生产出来，像生物乙醇、生物柴油等成分。ENF级海洋板，是将木质素转化成为生物胶黏剂来制造而成的，它具有高防水性、低甲醛、低苯系挥发物的特点。

在生物环境领域，昌平区有一家企业是可以做到将一氧化碳和二氧化碳通过发酵生成饲料蛋白。

在食品营养领域，可以利用合成生物制造，生产出来很多食品成分，像母乳寡糖，像赤藓糖醇以及阿洛酮糖，是微元合成利用葡萄糖作为底物，通过一步发酵法生产出来的，马上要获得卫生部的新食品原料的批准。